Digitální mikroskop využívá nejen optiku, ale také CCD kameru (Charge Coupled Device = zařízení s nábojovou vazbou) pro zobrazení digitálního obrazu vzorku na vestavěném nebo externím monitoru. Digitální mikroskopy zobrazují obraz i těch nejmenších preparátů s nejlepší ostrostí a jasem. Používají se při laboratorním výzkumu v různých oborech, včetně medicíny, biologie a chemie.